持续一年的奥姆真理教祸乱日本和埃博拉病毒危机，终于在九四年夏天结束的时候，随着中国向日本提供了解救埃博拉病毒的疫苗，出现了转折。失去了对高致死病毒畏惧的日本当局和自卫队，开始对已经后继无力的真理军发动了气势汹汹的反攻。
其实，对于真理教打击最严重的并不自卫队大规模的反攻和围剿，而教众信仰的破裂。由于奥姆真理教的“真神”麻原彰晃号称埃博拉病毒灭世的征兆，末世已经来临，只有信仰他才能够得救。可现如今，不信仰他而且唾弃他的日本当局已经获得了解救病毒的方法，现在不需要信仰他就能得救，而日本当局总之还让大部分日本人感觉到安全和正常的，但动辄人道毁灭，用沙林毒气屠城的奥姆真理教，在人们反应过来后，怎么看都像恐怖组织。
失去了信仰的奥姆真理教不断出现了教众反水，将重要的地方教会组织所在地和干部名单上交政府的情况。这使得基层的奥姆真理教组织遭到了重要打击，甚至还出现了应该算最忠诚的真理军士兵主动投敌，并且充当带路党，清缴真理军城市游击队的情况。
这样的情况持续了近一个月后，真理教再度遭遇了重大打击——真理军实际的最高军事指挥官青木元不知所踪。外界推测他看出了奥姆真理教的穷途末路，不愿为奥姆真理教陪葬所以才逃走了。考虑到这个“名将”埋葬了上千名自卫队士兵的性命，就算他投靠自卫队，自卫队也不可能善罢甘休。
随后这个名字变得特别有传奇色彩，传言日本自卫队重金悬赏想要抓捕青木元，让他付出代价；也有人自卫队求贤若渴，希望冰释前嫌，邀请这位军事头脑和天赋过人的将才加入自卫队；还有人青木元早已逃离日本，去到了巴布亚新几内亚，加入了一个用并组织，继续着他的传奇。
不管怎样，青木元的消失，使得本来就算不上精锐的真理军不仅群龙无首而大乱，而且失去了统一的指挥，各个真理军分支在得不到有效支援的帮助下，最终被各个击破，甚至直接向自卫队缴械投降。
首相细川护熙也打出了“国家和解”的旗号，号称只要向政府和自卫队投降，一切罪责既往不咎，为的就尽快平息这场持续一年时间的动乱，让日本从压抑和消沉中快速恢复正常。
这位顶住了辞职压力，甚至不惜用战时手段强硬解散国会，并且专断独行，虽然饱受非议，但不能不他的种种行动还真的有利于日本的。可随着真理教濒临覆灭，日本上下绝对不能够容许这样一个首相继续担任下去，甚至还有一些人认为细川护熙对整场危机富有重大责任的，不仅无功，而且要追责。而细川护熙也确实犯了一些错误，屁股上不干净，为反对派将他放倒提供了口实。